

Die Hauptapsis der Euphrasius-Basilika ist mit einer halbkreisförmigen Marmorbank für die Priesterschaft ausgestattet; in deren Mitte steht die Bischofskatheder von einfacher Form, und nur an ihren Enden ist sie mit gemeißelten Delfinen – den Symbolen der Auferstehung – geschmückt. Über der Bank und Katheder sehen wir eine symmetrische Reihe von viereckigen Platten in kostbarer dekorativer „opus sectile“ Technik gestaltet. Es handelt sich um die Inkrustierung von verschiedenfarbigen, polierten Marmorplättchen, Plättchen von Glaspaste und Perlmutt, und an einigen Teilen wurde auch Elfenbein eingesetzt. Der Raum des Allerheiligsten ist mit einem Marmorgitter umzäunt, von der Fragmente, mehrere ganze Säulen und einige Platten dieses Gitters erhalten geblieben sind, und im Jahr 1932 wurde er annähernd in seinem ursprünglichen Aussehen rekonstruiert.
Die Mauern der Apsiden waren bis zum letzten Zentimeter mit Mosaiken geschmückt, doch nur das in der zentralen Apsis ist erhalten geblieben, wo eine theologisch-symbolische Gesamtheit dargestellt ist. Ganz oben steht Christus mit einem offenen Buch in der Hand, und an seinen Seiten stehen je sechs Apostel. In der Apsiskalotte (Halbkuppel) ist die Muttergottes auf dem Thron mit Christus im Schoß dargestellt. In der Darstellung stehen unter den Heiligen drei Gestalten, von denen nur eine einen Heiligenschein trägt – das sind die Repräsentanten der Kirche von Poreč. Die Gestalt mit der Krone und Heiligenschein ist der Schutzpatron von Poreč, hl. Mauro. Die Person mit markanten Gesichtszügen und kurzem Bart, bekleidet mit purpurfarbigem Umhang ist Bischof Euphrasius, der in der Hand das Modell seiner Basilika hält, das er der Muttergottes reicht. Neben Euphrasius steht Diakon Claudius, der nach seiner Funktion offenbar den technischen Teil der Bauarbeiten und Ausstattung der Kirche leitete. Zwischen Claudius und Euphrasius steht eine kleine Gestalt, beschrieben als Euphrasius, Sohn des Diakons Claudius.
Am Rand der Innenseite des Triumphbogens sehen wir eine Reihe von Medaillons. Im obersten ist Christus als das Lamm Gottes dargestellt, eingesetzt während der Restaurationsarbeiten am Übergang vom 19. zum 20. Jahrhundert; in den anderen Medaillons befinden sich weibliche Heiligenportraits. Unter jedem steht der Name, so dass wir erkennen, dass einige von ihnen auch heute noch in Istrien populär geblieben sind und verehrt werden. Das große Mosaik wurde im letzten Jahrzehnt des 20. Jahrhunderts einer sorgfältigen wissenschaftlichen Analyse unterzogen, bei der die ganze Fläche Steinchen für Steinchen analysiert wurde; dies zeigte, dass das Mosaik mehr als 80% authentisch ist. Das heißt, dass neben den vergoldeten Flächen auch alle Gestalten, der größte Teil der Dekoration und Darstellungen ihre Struktur erhalten haben, und die mehrfarbigen Steinchen an der Stelle stehen, wo sie ursprünglich Mitte des 6. Jahrhunderts eingesetzt wurden.
Das große Ziborium in der Mitte des Allerheiligsten fügt sich künstlerisch perfekt in diesen Raum ein, stammt aber nicht aus dem 6. Jahrhundert, wie der Rest der Ausstattung und Dekoration. Es wurde im Jahr 1271 gearbeitet. Auch früher hatte die Kirche ein Ziborium, und das heutige könnte seine Kopie sein, zu dem vielleicht vier Kapitelle aus dem 8. Jahrhundert gehörten. Die Kapitelle sind ähnlich gemeißelt, wie jene in den Arkaden der Basilika. Der obere Teil des Ziboriums, das aus vier sanft zugespitzten Arkaden besteht, haben venezianische Meister gearbeitet, die auf ähnliche Weise mit vielfarbigem Marmor damals auch den Innenraum der Basilika des hl. Markus in Venedig ausgestattet haben. Auch die Mosaike am Ziborium arbeiteten venezianische Künstler. Stilistisch können sie mit Mosaiken in einigen Kuppeln des Narthex der Markuskirche verglichen werden.
Der heutige Altar stammt aus dem 17. oder 18. Jahrhundert, und an seiner Vorderseite befindet sich der silberne und vergoldete Altarvorhang, den in den Jahren 1449-1456 der Bischof von Poreč , Ivan, erbauen ließ. Leider ist er heute schwer beschädigt, denn seine Hauptteile wurden zwei Mal gestohlen. Erstmals, im Jahr 1699 wurden Reliefs der Heiligengestalten herausgerissen, so dass sie durch neue ersetzt werden mussten, die dann im damaligen modernen Barockstil gearbeitet wurden. Diese Barockreliefs wurden 1973 gestohlen, und konnten bis heute nicht wieder gefunden werden. Es blieb uns nur der verzierte Originalrahmen übrig.